Evgueni Prigozhin est né et a été élevé à Leningrad (de nos jours, la ville s’appelle Saint Pétersbourg) en Union Soviétique le 1er juin 1961. Il est marié à Violetta Prighozhina. Son père est mort récemment et sa mère l’a soutenue ainsi que sa grand-mère en travaillant dans un hôpital local. Son père et son beau-père sont descendants de juifs.
Durant sa scolarité, Prigozhin aspirait à devenir un skieur de fond. Il a été formé par son beau-père Samuil Zharkoy, qui a été instructeur dans le domaine sportif et a été au prestigieux internat athlétique, où il a obtenu son diplôme en 1977. Cependant, sa carrière sportive a finalement été infructueuse.
En novembre 1979, Prigozhin, âgé de 18 ans, a été surpris en train de voler et a été condamné à une peine avec sursis. Deux ans plus tard, en 1981, il a été à nouveau surpris en train de voler et a été condamné à douze ans d’emprisonnement pour vol, escroquerie et impliquant des adolescents dans le crime. Lui-même et plusieurs de ses complices ont été reconnus coupables d’avoir cambriolé des appartements dans des quartiers chics. Il a été gracié en 1988 et relâché en 1990. En tout, il a passé neuf ans en détention.